Né d'un père travailleur social et d'une mère institutrice, Ben Affleck a également un jeune frère, Casey Affleck, qui deviendra également comédien. Il fait ses débuts d'acteur très jeune en tournant un spot publicitaire pour Burger King et en jouant dans The Dark end of the street (1981), un drame de Jan Egleson. Il enchaîne alors les séries télévisées et téléfilms comme The Voyage of the Mimi (1984), ou encore The Second Voyage of the Mimi (1988).
Durant sa scolarité à Harvard, il fait la rencontre de Matt Damon qui devient son ami. Ben Affleck abandonne bientôt ses études pour se consacrer à sa passion : le cinéma. En 1992, il apparaît dans La Différence (School ties) de Robert Mandel, et décroche, la même année, le rôle d'un basketteur dans Buffy the vampire slayer (Buffy the vampire slayer) de Fran Rubel Kuzui. En 1993, il fait la connaissance de Kevin Smith. De leur collaboration naîtront quatre comédies burlesques : Les Glandeurs (Mallrats) (1995), Méprise multiple (Chasing Amy) (1997), Dogma (2000) et Jay & Bob contre-attaquent (Jay and Silent Bob strike back) (2002).
En 1997, Ben Affleck coécrit avec Matt Damon le scénario de Will hunting (Good will hunting), dans lequel les deux amis partagent l'affiche. Récompensé aux Oscars (Meilleur acteur pour Robin Williams et Meilleur scénario), ce drame lui apporte une certaine notoriété, ce qui ne l'empêche pas de figurer aux castings de films dits "mineurs" comme Going all the way (1997) de Mark Pellington et Phantoms (1998) de Joe Chappelle.
Ben Affleck conforte son statut de star en apparaissant en tête d'affiche de deux films totalement différents : la comédie romantique aux sept Oscars Shakespeare in Love de John Madden avec Gwyneth Paltrow et le blockbuster Armageddon de Michael Bay, dans lequel il tente d'empêcher aux côtés de Bruce Willis la collision d'un astéroïde avec la Terre. Son physique de jeune premier casse-cou lui permet d'alterner romances (Un vent de folie (Forces of nature) (1999) de Bronwen Hughes avec Sandra Bullock) et thrillers d'action (Piège fatal (Reindeer Games) (2000) de John Frankenheimer).
En 2001, Ben Affleck tient l'un des rôles principaux de la superproduction Pearl Harbor de Michael Bay. Devenu incontournable à Hollywood, il prend la relève de Harrison Ford dans le rôle de Jack Ryan pour les besoins de La Somme de toutes les peurs (The Sum of all fears) (2002) de Phil Alden Robinson, et donne la réplique à Samuel L. Jackson dans le thriller Dérapages incontrôlés (Changing lanes) (id.) de Roger Michell. En 2003, Ben Affleck se met à la mode des super-héros en interprétant un justicier aveugle dans Daredevil de Mark Steven Johnson.